Secara jelas, tujuan Universitas Islam Indonesia (UII) sebagaimana tercantum dalam Statuta UII adalah (a) membentuk cendekiawan muslim dan pemimpin bangsa yang berkualitas, bermanfaat bagi masyarakat, menguasai ilmu keislaman dan mampu menerapkan nilai-nilai Islami serta berdaya saing tinggi; dan (b) mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan, teknologi, budaya, sastra, dan seni yang berjiwa Islam; (c) turut serta membangun masyarakat dan negara Republik Indonesia yang adil dan makmur serta mendapat ridla Allah SWT; dan (d) mendalami, mengembangkan, dan menyebarluaskan pemahaman ajaran agama Islam untuk dipahami, dihayati, dan diamalkan oleh warga Universitas dan masyarakat.
Salah satu substansi tujuan tersebut adalah adanya integrasi antara Islam ke dalam semua proses pendidikan di UII. Substansi tujuan tersebut tidak berubah dari yang dicita-citakan oleh pendiri. Salah satu pendiri UII, Dr. Moh. Hatta, pada Pembukaan Sekolah Tinggi Islam setelah dipindahkan ke Yogyakarta pada 10 April 1946, menyatakan:
“… ujud Sekolah Tinggi Islam ialah membentuk ulama’ yang berpengetahuan dalam berpendidikan luas serta mempunyai semangat dinamis. Hanya ulama’ yang seperti itulah yang bisa menjadi pendidikan yang sebenarnya dalam masyarakat. Di Sekolah Tinggi Islam itu akan bertemu agama dengan ilmu dalam suasana kerjasama yang membimbing masyarakat ke dalam kesejahteraan.” Read more
